主药藿香，能强化胃之活动，调正胃气，故名“藿香正气散”。
据说这个药方里，藿香理气和中，辟恶止呕，兼治表裏；苏芷桔梗，散寒利膈，以发表邪；厚朴大腹，行水消满，陈皮半夏，散逆除痰，以疏裏滞；苓术甘草，益脾去湿，以补正气。